申請人（使用者）が支店、土地所有が本店の場合、自認書と承諾書どちらが必要ですか？｜よくあるご質問

この場合、本社の承諾書が必要となります。
法人としては別人格ではないのですが、車庫証明申請の際は、便宜上別人格としての扱いとなるため、本社が支社に使用を承諾する形となります。